Damit kann man alle Dateien in einem Verzeichnis zählen inklusive der enthaltenen Unterordnern.
find <Ordner> -type f | wc -l
Wenn man zwei Ordner z.B. mit gleichem Namen hat (durch rsync), kann man das auch zum Vergleichen nutzen:
Ordner=<OrdnerName> && find <Pfad1>$Ordner -type f | wc -l && find <Pfad2>$Ordner -type f | wc -l